ফাল্গুনী দাসের বিরুদ্ধে গুরুতর অভিযোগ রয়েছে। সাকিব মাহমুদ রূমী দাবি করেছেন, ফাল্গুনী দাস বৈষম্যবিরোধী ছাত্র আন্দোলনে শিক্ষার্থীদের বিরুদ্ধে ছাত্রলীগের সন্ত্রাসী কর্মকাণ্ডের উসকানিদাতা হিসেবে কাজ করেছেন এবং বিশ্ববিদ্যালয়ের নানা অপকর্মের সঙ্গে জড়িত ছিলেন।
শাহবাগ থানার ভারপ্রাপ্ত কর্মকর্তা (ওসি) খালিদ মনসুরও জানিয়েছেন যে, ফাল্গুনী দাসকে নিষিদ্ধ ছাত্রলীগের চবি শাখার সহ-সভাপতি হিসেবে আটক করা হয়েছে এবং তার বিরুদ্ধে সন্ত্রাসবিরোধী আইনে মামলা করা হয়েছে। এই ধরনের অভিযোগগুলো, যদি প্রমাণিত হয়, তা বিশ্ববিদ্যালয়ের পরিবেশ ও নিরাপত্তার জন্য বেশ বিপজ্জনক হতে পারে।